住宅の応急修理制度との併用はできますか？

併用できます。
ただし、応急修理制度を利用した場合は、自己負担分が発生しないと対象となりません。

（説明）住宅の応急修理制度は半壊以上で70万6千円、準半壊で34万3千円を上限として公費負担があります。この制度を利用し補修費用が公費負担上限で収まる場合は自己負担金が発生せず、生活再建支援金の「補修」区分には該当しません。費用が公費負担上限を超える場合は、住宅の応急修理制度を使用しても自己負担金が発生するため、生活再建支援金の他の要件を満たしていれば「補修」区分に該当します。

令和6年能登半島地震に係る被災者生活再建支援金ページ

住宅の応急修理制度ページ